ד"ר עופר מרגלית למד באוניברסיטת תל-אביב במסלול ה-MD-PhD, עבודת המחקר שלו התמקדה בחקר תהליכים בסיסיים ביצירת גידולים, בהנחיית חתן פרס ישראל פרופ' גידי רכבי.

ד"ר מרגלית סיים התמחות באונקולוגיה רפואית במרכז הרפואי שיבא, במהלכה עשה פוסט-דוקטורט בבי"ח MD Anderson בארה"ב בתחום חקר סרטן המעי הגס והינו כיום רופא בכיר ביחידה לגידולי מערכת העיכול במרכז הרפואי שיבא.

ד"ר מרגלית הינו מרצה בכיר בחוג לאונקולוגיה, ביה"ס לרפואה, אוניברסיטת תל-אביב.

ד"ר מרגלית פירסם למעלה מ-35 מאמרים בספרות הרפואית, וכן היה שותף לכתיבת שני פרקים בספרים. הפרק הראשון דן בבסיס המולקולרי של גידולי מערכת העיכול ופורסם בשנת 2014; והפרק השני עומד להתפרסם בסוף שנת 2022 בספר הלימוד הרישמי של האונקולוגיה (DeVita) והוא דן בנושא סרטן הקיבה.

החל מראשית שנת 2021 ד"ר מרגלית משמש כיועץ לרפואה מולקולרית מותאמת אישית של חברת אונקוטסט–טבע.

ד"ר מרגלית הינו חבר במסלול "תלפיות" למנהיגות רפואית במרכז הרפואי שיבא (מחזור שנת 2007).

ד"ר מרגלית חבר באיגוד האונקולוגיה והרדיותרפיה הישראלי (ISCORT), באיגוד האונקולוגיה האמריקאי (ASCO), באיגוד האמריקאי לחקר הסרטן (AACR) ובקבוצת המחקר הבינלאומית ARCAD בנושא סרטן מעי גס גרורתי.